La metodologia didattica dell'Università Telematica Pegaso, dell'Università Mercatorum e dell'Università San Raffaele prevede l'utilizzo di percorsi didattici costituiti da learning objects (unità di contenuto didattico), in cui convergono molteplici strumenti, materiali e servizi, che agiscono in modo sinergico sul percorso di formazione ed apprendimento dello studente. Il discente, infatti, dispone: 

Ogni studente partecipa alle attività della propria classe virtuale, coordinata da tutor esperti dei contenuti e formati agli aspetti tecnico-comunicativi della didattica on-line, e viene seguito dal titolare della disciplina che è responsabile della didattica. L'attività di guida/consulenza è svolta attraverso la creazione di spazi virtuali interattivi sincroni ed asincroni (forum, web conference, sessioni live, etc.) o, in caso di richieste di chiarimenti personalizzati, via e-mail.